本次实验寻找合适的 CD163 模版蛋白，将 CD163 蛋白进行同源建模，寻找合适的模版蛋白，将其配体蛋白 PRRSV GP2 同源建模，采用 ZDOCK 方法将两蛋白进行对接模拟，分析两蛋白的结合模式， 采用 Lib dock 分子对接方法在最佳结合模式下设计相应的药物。由于 CD163 可能在炎症反应中发挥作用，但一直没有找到与其相互作用的配体。本实验拟将 CD163 蛋白进行同源建模，并将其配体蛋白 PRRSV GP2 同源建模，将两蛋白进行对接模拟， 分析两蛋白的结合模式，在最佳结合模式下设计相应的药物，以阻止二者结合，从而设计出避免 PRRSV 感染的药物。

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本次试验中将采 ZDOCK 程序进行蛋白-蛋白大分子对接。ZDOCK 计算完成在网站服务器（ZDOCK3.0.2 Server: http://zdock.umassmed.edu/），ZDOCK，使用快速傅里叶变换来执行两个分子间的自由度空间三维搜索。ZDOCK 是一个基于 Fast Fourier Transform correlation technique 的蛋白质刚性对接算法，而且充分考虑了配体分子的柔性[12]。展示了蛋白-蛋白的旋转和平动空间，ZDOCK 得分越高说明对接情况可能越接近真实情况，是大分子-大分子对接具有很高准确性。

ZDOCK2.0 中，使用基于网格的表示形式的两种蛋白质，和三维 (3D) 快速傅里叶变换 (FFT) 有效地探索刚体搜索空间的停靠位置。最新版本 ZDOCK 3.0

有一个得分的功能，包括形状互补性、 静电学，和成对原子统计潜力开发使用接触倾向的瞬态蛋白复合物，它可以显示其预测的能力。ZDOCK 3.0.2 中 R = 0.98。ZDOCK 的计算结合 Conv3D 库，它基于 FFTW 和专为高效率的三维分子结构卷积进行了优化， 有效地允许非立方矩形网格通过执行一系列 FFT 操作跳过 3D 多维数据集为空的行。与 Conv3D，选择了一个矩形的 3D 网格包含的受体，固定在 ZDOCK 运行，同时对 配体 （这通过一系列的欧拉角旋转期间 ZDOCK） 立方网格被维护，以便为通过连续配体旋转恒定的网格大小。

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小药物分子能在 CD163 和 GP2 的共同结合位点相作用，对信号传导造成影响， 是我们所需要的药物，同时药物分子只和 GP2 蛋白在相同的位点结合可以对接，而与 CD163 在相同位点上不对接，组织两个蛋白结合，而 CD163 和 GP2 结合导致病毒感染，药物阻止两者结合可避免感染，所以以上六中药物都可以使用来减少猪繁殖与呼吸综合征。若两个蛋白都不结合则不是理想药物。