本文针对乙酰胆碱脂酶与芥子碱类似物运用了分子对接方法来找到芥子碱类似物与乙酰胆碱酯酶结合的最佳位点，本人对芥子碱氯化物和乙酰胆碱酯酶进行 了详细阐述。本文的目的是找到芥子碱与乙酰胆碱酯酶潜在活性结合位点。实验所采 取的方式为计算机辅助模拟的分子对接方法。实验的预期结果为在已知的 23 个活性位点中找到最适合的活性稳点。本文及实验所得出的结论为，对芥子碱氯化物进行的 详细计算和比较，发现 site1、site2、site3、site21 四个活性位点是比较稳点的位 点，故建议采用芥子碱氯化物与乙酰胆碱酯酶在该 4 个位点进行结合。

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活性位点氨基酸及对接数据分析

首先，是对 AChE 晶体结构来进行计算，来得到可能的活性位点数量，最终得出23 个可能活性位点，之后又统计了芥子碱氯化盐对接成功之后的对应的每个点的活性位点周围的氨基酸并且组成表 1，通过观察表 1 中的每个活性位点中的氨基酸残基的组成会发现，每一个活性位点的共同点是，都会含有或多或少的疏水性氨基酸【11】， 例如如 site1 周围有 TYR72、VAL73、TRP86、LEU130，site10 周围有 LEU22、LEU33、EU315、ILE316，而且这些氨基酸最终将会造成的结果是，活性位点的周围空间结构所对应保守活性序列将会具有比较强的疏水作用，并且当这些疏水集团与芥子碱氯化盐上的甲氧基碰到时，疏水结合作用将会逐渐加强。

由于芥子碱氯化盐配体是含有苯环结构的化合物，能够与受体分子活性位点上的苯环结构发生π-π共轭作用，最终分析出 site1 周围氨基酸有 TYR72、TYR119，而 site2 周围有 TYR449，并且 site3 周围有 TYR124、PRO232、PRO235，site10 周围有 PHE65，这些个基团能够与芥子碱氯化盐的苯环结构形成π-π键堆积作用，并发生结合。并发现，在 site1 中 HIS447、GLU202、SER203 能够形成催化三联体，其中 TRP86起识别底物作用，从而使芥子碱氯化盐在 site1 能够被识别并牢固结合。然而 Site2周围有三个GLU，其有类似催化三联体作用，而site21 因周围有TYR72、GLU285、TRP286三个胆碱结合部分，造成其容易芥子碱氯化盐与类似胆碱结构结合。Site3 的周围存在这 CYS409，而且芥子碱氯化盐结构中的羟基容易与电负性较高的原子产生氢键缔合【12】。通过显示芥子碱氯化盐和这些活性位点上的氢键关系，发现了 site2、6、7周围的 ALA、ARG、GLU、HIS、LEU、VAL、PRO 等氨基酸在空间位置上达到饱和，没有氢键的存在，而位点 1、3、4、5、8、10、11、14、18、20、21、22 有氢键。由以上所得的结果可以得出，site1、site2、site3、site21 是潜在的芥子碱的结合位点。在对接失败的活性位点 9、12、13、15、16、17、19、23 空间的结构中发现了，由于，这些活性位点的空间太小，并且含有较少的或者不含有任何疏水结构的氨基酸， 从而难以形成氢键，所以导致了芥子碱氯化盐的抑制剂分子不能与这些活性位点形成对接，因此对接失败【13】。

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芥子碱氯化盐与AChE 之间的相互作用分析

LibDock 综合得分是用来计算配体分子与受体分子在对接过程中的各种因素综合的结果，所得的综合得分越高，说明对应芥子碱氯化盐对该点的相互作用就越强。本次实验中 AChE 晶体结构构象与芥子碱氯化盐的对接成功为 15 个位点，15 个点分别是 site1、site2、site3、site4、site5、site6、site7、site8、site10、site11、site14、site18、site20、site21 和 site22。然而这些对接成功了的位点与其芥子碱氯化盐有很多的构象，只是区别在于得分不同【14】。所以本实验研究所得的结果最终只保留了得分最高的几个构象，将最终所得分数均值排序，从而得到了芥子碱氯化盐与不同活性位点对接分数（表 2）。